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インドネシア駐在員の帰任時に必要な税務手続｜確定申告・PPh 25・NPWP削除

最新更新日：2026年07月27日投稿日：2022年01月03日

インドネシア駐在を終えて帰任する際には、ビザ、住居、引越し、後任者への引継ぎなど、さまざまな手続が発生します。

一方で、税務手続を後回しにすると、本人がインドネシアを出国した後も確定申告義務が残ったり、月次所得税予納であるPPh 25の納付が継続したりする可能性があります。

帰任が決まった段階で、主に次の3点を整理する必要があります。

帰任年の個人所得税確定申告
PPh 25（月次所得税予納）
NPWP（納税者番号）の非有効化または削除

本記事では、インドネシアから帰任する外国人駐在員と、その手続を支援する人事・財務・経理担当者に向けて、帰任時に必要となる税務手続を解説します。

帰任時に特に注意すべき5つのポイント

インドネシア駐在員の帰任時には、特に次の5点が重要です。

1．税務上の居住者判定は赴任初日から始まる場合がある

インドネシアの税務上の居住者判定は、単純に「183日を超えたかどうか」だけで決まるものではありません。

KITASを保有し、インドネシアに居住する意思が認められる場合には、183日が経過した後ではなく、赴任初日から税務上の居住者とされる可能性があります。

2．すべての国外所得が申告対象になるとは限らない

一定の外国人については、4年間にわたり課税対象をインドネシア源泉所得に限定できる制度があります。

ただし、インドネシアで行った業務に対応して国外本社から支払われる給与は、インドネシア源泉所得となります。そのため、本社払いであることのみを理由として申告対象外になるわけではありません。

3．PPh 25は必ず発生するわけではない

駐在員の所得が、PPh 21によって全額源泉徴収されているインドネシア給与のみである場合、通常、確定申告時の納付税額はゼロとなり、PPh 25も発生しません。

一方、スプリット・ペイロールなどにより国外払いの給与が源泉徴収されていない場合や、その他の所得がある場合には、PPh 25が発生する可能性があります。

4．Coretaxが実務上のボトルネックになる

帰任後もCoretaxを利用できる状態にしておかなければ、国外から確定申告やNPWPに関する手続を行えなくなる可能性があります。

帰任前に、登録メールアドレス、携帯電話番号、電子証明書、パスフレーズなどを確認しておく必要があります。

5．委任状は帰任前に準備する

帰任後に代理人へ手続を依頼する場合、特別委任状が必要となります。

本人がインドネシアを出国した後は署名や書類の手配が難しくなるため、帰任前に署名を済ませておくことが重要です。

1．インドネシア駐在員の帰任年における税務上の居住者判定

年の途中でインドネシアを出国する場合でも、税務上の居住者であった期間に得た所得については、申告および納税が必要です。

インドネシア所得税法第2条第3項およびPMK 18/2021では、個人が次のいずれかに該当する場合、インドネシアの税務上の居住者になると定められています。

インドネシアに住所を有する者
任意の12か月間に183日を超えてインドネシアに滞在する者
課税年度中にインドネシアに滞在し、インドネシアに居住する意思を有する者

居住意思は、KITAS、KITAP、183日を超える雇用契約、その他類似の書類によって判断されます。

そのため、KITASを保有する駐在員については、183日経過後ではなく、赴任初日から税務上の居住者と扱われる可能性があります。

また、183日基準は暦年単位ではなく、任意の連続する12か月間で判定されます。帰任年の居住者期間を判断する際には、当年1月1日以降だけではなく、過去12か月間の出入国記録を確認する必要があります。

2．帰任年に申告対象となる所得

原則として全世界所得が課税対象

インドネシアの税務上の居住者は、原則として全世界所得に対して課税されます。

駐在員の場合、インドネシア法人から支払われる給与だけでなく、国外本社から支払われる次のような報酬も対象となります。

給与
賞与
各種手当
現物給付

給与の支払場所のみで課税関係が決まるわけではありません。

インドネシアで行った業務に対応して国外本社から支払われる給与は、インドネシア源泉所得として申告する必要があります。これは、スプリット・ペイロールで特に見落とされやすい点です。

外国人向け4年間の国内源泉所得限定制度

一定の外国人については、最初にインドネシアの税務上の居住者となった年から4課税年度、課税対象をインドネシア源泉所得に限定できる制度があります。

適用を受けるためには、主に次の要件を満たす必要があります。

所定の職種に就く外国人労働者または外国人研究者であること
専門資格、学歴、関連分野での5年以上の経験などを有すること
知識移転義務を満たすこと
税務総局へ申請すること

この制度は自動的に適用されるものではありません。

また、インドネシアでの業務や活動に関連して受領する所得は、国外で支払われた場合でもインドネシア源泉所得となります。

したがって、この制度の対象となるのは、本国における投資所得など、真に国外源泉となる所得です。インドネシア赴任業務に対応する本社払い給与は、原則として対象外にはなりません。

租税条約の確認

帰任年には、同じ年の中でインドネシアの居住者である期間と、本国の居住者となる期間が生じ、二重居住者となることがあります。

その場合には、該当する租税条約を確認する必要があります。

一般的には、次の規定が関係します。

居住者に関するタイブレーカー・ルール
給与所得をどの国に配分するかを定める規定
本国の税務当局が発行する居住者証明書

居住者証明書は、租税条約の適用だけでなく、NPWPに関する手続の疎明資料としても利用できます。

3．帰任年の個人所得税確定申告

準備すべき資料

帰任年の確定申告では、一般的に次の資料が必要となります。

資料	内容
Form 1721-A1	インドネシアの源泉徴収票
インドネシア給与資料	給与明細、給与証明
本社給与資料	国外本社からの給与明細、所得証明
報酬関連資料	賞与、手当、現物給付
国外所得資料	本国およびその他の国における所得資料
出入国記録	パスポートの出入国履歴
税務登録情報	NPWP、Coretaxアカウント情報
納付資料	当該年のPPh 25納付記録
租税条約資料	必要に応じて居住者証明書

出国後は資料の収集が難しくなるため、帰任前に揃えておくことが望まれます。

現物給付

駐在員の報酬には、次のような現物給付が含まれることがあります。

会社負担の住宅
自動車
子女教育費
会社負担税金

法律第7号/2021、PP 55/2022およびPMK 66/2023により、一定の非課税規定を除き、現物給付も給与所得として課税対象となります。

そのため、最終的なPPh 21を計算する前に、各項目を特定し、評価する必要があります。

Form 1721-A1と最終PPh 21計算

PMK 168/2023により導入された平均実効税率制度では、月次のPPh 21は平均実効税率を用いて源泉徴収し、最終期間に年間精算を行います。

年の途中で退職または帰任する従業員については、最終期間は12月ではなく雇用終了月です。

したがって、最終PPh 21計算とForm 1721-A1は、雇用終了時に作成する必要があります。

確定申告期限

個人所得税確定申告書の提出期限は、翌年3月末です。

例えば、2026年8月に帰任した場合、2026年分の個人所得税確定申告期限は原則として2027年3月末です。

ただし、申告期限まで時間があるからといって、準備を後回しにしてよいわけではありません。

NPWPを削除するためには、確定申告を提出し、未納税額をすべて納付していることが必要です。また、出国後はCoretaxへのアクセスや会社担当者との連絡、資料収集が難しくなる可能性があります。

PPh 29とペナルティ

確定申告の結果、不足税額が生じる場合には、PPh 29として申告書提出前に納付する必要があります。

期限後申告や期限後納付については、次のペナルティが発生します。

個人所得税確定申告書の期限後提出：IDR 100,000
期限後納付：財務大臣が毎月定める利率による利息

4．PPh 25が発生するケース

PPh 25は、前年の確定申告書に記載された所得税額を基礎として、翌年分の所得税を毎月予納する制度です。

ただし、すべての駐在員にPPh 25が発生するわけではありません。

インドネシア給与に対してPPh 21が全額源泉徴収されており、その他の所得がない場合、通常、確定申告時の納付税額はゼロとなり、PPh 25もゼロになります。

一方、次のような場合にはPPh 25が発生する可能性があります。

スプリット・ペイロールにより国外払い給与がある
国外払い給与についてPPh 21が源泉徴収されていない
給与以外の所得がある
確定申告で不足税額が生じる

PPh 25が発生している場合には、次の対応を検討します。

所得減少による月次予納額の減額申請
EPO完了後のNPWPのNon-Efektif申請

NPWPがNon-Efektifになると、PPh 25の納付義務は停止します。

帰任後もNPWPを有効なまま残した場合、インドネシアで課税所得がなくても、PPh 25の納付義務や税務署からの照会が継続する可能性があります。

5．帰任時のNPWPのNon-Efektif（NE）と削除手続

外国人駐在員のNPWP

税務識別番号制度の変更後、外国人駐在員は16桁のNPWPを使用し、この番号をCoretaxで利用します。

実務上の手続順序

帰任時には、一般的に次の順序で手続を進めます。

手順	対応	効果・目的
1	EPOを処理	帰任が書面上確定し、NE申請の契機となる
2	NE申請	PPh 25が発生している場合、納付義務を停止する
3	確定申告	帰任年の申告書がCoretaxで利用可能になった後に提出する
4	NPWP削除申請	確定申告と納税を完了した後に申請する

なぜNPWP削除より先にNEを申請するのか

駐在員が帰任する時点では、当該年の個人所得税確定申告書がCoretax上でまだ利用できない場合があります。

申告書が提出できず、未申告の状態では、NPWP削除を完了できません。

その一方で、NPWPを有効なままにすると、削除までの待機期間中もPPh 25が発生し続ける可能性があります。

NEは、この待機期間中の予納義務を停止するための暫定的な手続です。

KPPへの確認が必要

実際に恒久帰任する場合、どのNE基準を適用するかについて、KPPの判断を確認する必要があります。

案件ごとにKPPが求める基準や資料が異なる可能性があるため、事前に必要書類を確認することが望まれます。

NPWP削除

インドネシアを恒久的に離れた外国人駐在員は、NPWP削除の対象となります。

削除にあたっては、主に次の点に注意が必要です。

未納税額がないこと
税務調査または捜査中ではないこと
個人のNPWP削除は税務調査を通じて行われること
KPPは完全な申請書を受領してから6か月以内に決定を行うこと
将来再赴任する場合は、新たな登録が必要となること

6か月という期間は法定上限であり、標準的な処理期間を意味するものではありません。

6．帰任前に確認すべきCoretaxの設定

2025年以降、インドネシアの税務行政はCoretaxに移行しています。2026年以降は、個人所得税確定申告もCoretaxを通じて提出します。

帰任後の実務で特に問題になりやすいのが、Coretaxへのアクセスです。

Coretaxでは、次の情報が必要となります。

Coretaxアカウント
電子証明書
パスフレーズ
登録メールアドレス
登録携帯電話番号
多要素認証

インドネシアの携帯電話番号やメールアドレスを帰任後すぐに解約すると、認証コードを受け取れなくなる可能性があります。

帰任前に、少なくとも次の点を確認してください。

Coretaxアカウントが有効である
登録メールアドレスを帰任後も利用できる
電子証明書とパスフレーズを安全に保管している
帰任後に誰がアカウントを操作するか決めている

7．帰任後の手続に備えて委任状を準備する

インドネシアを恒久的に離れた個人納税者は、代理人を通じて税務手続を行うことができます。

KUP法第32条第3項に基づく特別委任状があれば、代理人がNPWP削除申請を含む手続を行うことが可能です。

本人が出国した後は、署名や必要資料の手配が難しくなります。帰任前に特別委任状を作成し、署名を済ませておくことが重要です。

8．NPWPを有効なまま残すリスク

帰任後もNPWPを有効なまま残すと、次のようなリスクがあります。

翌年以降も確定申告義務が継続する
PPh 25の納付義務が継続する可能性がある
無申告や未納付について税務署から照会を受ける
再赴任時に過去の未解決事項が表面化する
退任者の税務状況を会社が継続して管理する必要がある

本人がインドネシア国外にいる場合、税務署からの通知への対応が遅れやすくなります。

会社としては、帰任前だけでなく、帰任後もNE申請、確定申告、NPWP削除の進捗を管理する必要があります。

9．帰任前チェックリスト

項目	確認事項
帰任日	インドネシア出国日と本国到着日を確認する
居住者期間	183日基準または居住意思基準の適用を確認する
出入国記録	過去12か月の入出国記録を確認する
給与データ	インドネシア給与、本社払い給与、賞与、手当を確認する
スプリット・ペイロール	国外払い給与の有無と源泉徴収状況を確認する
現物給付	住宅、自動車、子女教育費、会社負担税を確認する
Form 1721-A1	雇用終了時に最終PPh 21計算と源泉徴収票を作成する
4年間制度	国内源泉所得限定制度の適用可否を確認する
租税条約	二重居住者の状況と居住者証明書の要否を確認する
PPh 29	不足税額と納付資金を確認する
PPh 25	予納義務の有無を確認し、必要に応じてNEを申請する
NPWP	16桁番号を確認し、NE・削除の方針を決める
Coretax	アカウント、メール、携帯番号、電子証明書を確認する
委任状	帰任前に特別委任状へ署名する
EPO・BPJS	EPOを処理し、BPJS加入を終了する
税務署対応	NPWP削除に伴う税務調査の担当者を決める

10．会社側で準備すべき事項

駐在員本人が自己申告する場合でも、会社側の協力は必要です。

会社は、少なくとも次の資料と情報を整理する必要があります。

赴任開始日、帰任日、出入国記録
インドネシア給与額
本社から支払われた給与、賞与、手当
会社負担税、住宅、自動車、子女教育費
Form 1721-A1
月次PPh 21源泉徴収記録
PPh 25の納付状況
Coretaxアカウント情報
電子証明書
署名済み委任状
NEおよびNPWP削除手続の進捗

11．よくある質問

Q1．帰任する年もインドネシアで確定申告が必要ですか

その年の一部でもインドネシアの税務上の居住者であった場合は、原則として確定申告が必要です。

KITASを保有している場合、183日経過後ではなく、赴任初日から居住者であった可能性があります。

Q2．インドネシアを出国する日までに申告する必要がありますか

法定申告期限は翌年3月末です。

ただし、NPWP削除を行うためには、先に確定申告を行い、すべての税額を納付する必要があります。そのため、実務上は帰任前から準備を始める必要があります。

Q3．NPWPは必ず削除しなければなりませんか

インドネシアとの税務関係がなくなる場合には、NEまたはNPWP削除を検討すべきです。

NPWPを有効なまま残すと、確定申告義務やPPh 25の納付義務が継続する可能性があります。

Q4．最終的に削除するのに、なぜNE申請が必要なのですか

帰任時点では、当該年の確定申告書をCoretaxで提出できない場合があります。

確定申告が完了するまでNPWPを削除できないため、EPO後にNE申請を行い、削除までの期間中のPPh 25を停止します。

Q5．NPWP削除にはどのくらいかかりますか

KPPは、完全な申請書を受領してから6か月以内に決定を行う必要があります。

ただし、NPWP削除は税務調査を伴うため、実際の期間は税務署の対応状況によって異なります。

Q6．本国で支払われる給与も申告対象ですか

インドネシアで行った業務に対応する給与であれば、国外で支払われていても申告対象です。

4年間の国内源泉所得限定制度が適用される場合、真に国外源泉となる所得は対象外となる可能性がありますが、インドネシア赴任業務に対応する本社払い給与は対象外にはなりません。

Q7．帰任後に代理人へ手続を依頼できますか

特別委任状を作成することで、代理人がNPWP削除を含む手続を行うことができます。

帰任後では署名手続が難しくなるため、帰任前に署名しておくことが望まれます。

まとめ

インドネシア駐在員の帰任時には、次の3つの税務手続を整理する必要があります。

帰任年の個人所得税確定申告
PPh 25の確認と停止手続
NPWPのNE申請および削除

税務上の居住者期間は、183日経過後ではなく、KITASや居住意思により赴任初日から始まる場合があります。

また、本社払い給与であっても、インドネシアで行った業務に対応する給与は、原則としてインドネシアでの申告対象です。

PPh 25が発生している場合には、EPO完了後にNE申請を行い、予納義務を停止します。その後、帰任年の確定申告と納税を完了したうえで、NPWP削除手続を進めます。

帰任後の手続を円滑に行うためには、Coretaxアカウント、登録メールアドレス、電子証明書、パスフレーズ、署名済み委任状を帰任前に準備することが重要です。

手続そのものが特に複雑というよりも、本人がすでにインドネシアを出国した後に着手することが、実務上の問題を生じさせます。帰任が決まった段階で、早めに方針を決定することが重要です。

主な法的根拠

法令	主な内容
法律第6号/1983（KUP法、最終改正：法律第6号/2023）	税務一般手続、NPWP削除期限、委任状
法律第7号/1983（所得税法、最終改正：法律第6号/2023）	税務上の居住者、外国人向け国内源泉所得限定制度
PMK 18/PMK.03/2021	居住者判定、4年間制度
PP 55/2022、PMK 66/2023	現物給付の税務上の取扱い
PMK 168/2023	PPh 21源泉徴収、平均実効税率制度
PMK 81/2024	統合施行規則
PER-7/PJ/2025	NEおよびNPWP削除
KEP-537/PJ/2000	PPh 25月次予納額の減額

※本記事は、2026年7月時点で有効な法令に基づく一般的な情報です。個別案件に対する税務・法務上の助言ではありません。具体的な取扱いは、事実関係や税務署の実務運用によって異なる場合があります。

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